서버 한개에 4개의 가상호스트를 설정해 쓰고있습니다.
문제는 4개 사이트 모두 같은 클래스 들을 이용해서 사용하고 있다가 
필요에 의해 각각의 사이트들의 클래스를 조금씩 변경할 필요가 생겼습니다.

A, B,C, D의 사이트가 
모두 /user1/class 를 참조했다고 한다면

이제는  A 사이트는 /user1/classA 밑의 클래스를
              B 사이트는 /user1/classB 밑의 클래스를
참조해야 하는 상황입니다. - (소스는 거의 같은데 조금씩 변경)

사용하는 클래스의 패키지 자체가 같다보니  심각한 문제가 생기고있습니다.

제발 해결해 주십시요. 부탁드립니다

안녕하십니까!! 제가 답변드리겠습니다.

각각의 host의 로직이 독립적으로 돌아가지 않고, host간의 영향을 끼친다면, 현재 resin.conf 그대로 가시고, 프로그램상에서 구별 해주셔야 할 것
같습니다. 간단하게 예를들면, 로직에서 각각 host의 url을 받아 그 값을 if / else문을 이용하여 구별하거나, switch / case 문을 이용해서 구별해서 로직을 
풀어 나가신다면 될 것 같습니다.

그렇지 않고, 각각의 host의 로직이 독립적으로 돌아 간다면, resin.conf와 로직이 있는 경로만 변경하시면 되겠네요.
각각 host는 id 값을 주어 구별해 주시고 host태그안에 app-dir 태그를 주어 경로 또한 구별하시면 됩니다.

 
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미숙하나마 제 답변이 도움이 되었으면 좋겠군요.
그럼.. 수고하세요..